办公室:承担人事、政工、劳资、文秘、行政后勤、对外宣传、治安保卫等工作；负责党务、群团、工青妇、离退休工作；起草有关管理规章制度；负责所务工作的综合协调与督办；承担财务管理工作；协助所领导处理日常工作事务。

科技管理科:负责全所科技管理工作。承担所的科研项目、知识产权、科技档案、成果评价、成果转化、成果报奖、科技服务、科技扶贫、所公共科技平台、科技合作与交流、所学术委员会等管理工作。

 茶树资源与育种研究室:开展茶树资源收集、保存、鉴评、种质创新、新品种选育和创新利用研究。

茶树生态栽培研究室：开展茶树营养调控、逆境生理、病虫害防控、废弃物资源化利用等研究与应用。

茶叶加工研究室：开展茶叶加工工艺技术、品质、装备、新产品开发等研究与应用。

茶与健康研究室：开展茶叶等饮用植物的成分与健康效应及其资源综合利用研究；开展茶叶产地环境评估与规划、质量安全控制技术及茶文化研究。

茶叶技术推广服务部：承担技术示范、基地管理、产业服务等工作。